E-GEOD-31210
GSE31210
transcription profiling by array
Homo sapiens
Gene expression data for pathological stage I-II lung adenocarcinomas
·发布 2011年11月1日
·更新 2011年11月14日
246
样本数
246
实验数
1
芯片平台
实验描述
Identification of genes up-regulated in ALK-positive and EGFR/KRAS/ALK-negative lung adenocarcinomas. To elucidate molecular characteristics of lung adenocarcinomas (ADCs) with ALK mutations and those without EGFR, KRAS and ALK mutations, 226 primary lung ADCs of pathological stage I-II, examined for the status of EGFR, KRAS and ALK mutations, were subjected to genome-wide expression profiling, and genes up-regulated in lung ADCs with ALK mutations and those without EGFR, KRAS and ALK mutations were identified. One hundred and seventy-four genes, including ALK, were selected as being up-regulated specifically in 79 lung ADCs without EGFR and KRAS mutations. These 79 cases were divided into: 11 cases of ALK-positive ADCs, 36 cases of group A triple-negative ADCs, and 32 cases of group B triple-negative ADCs, by unsupervised clustering according to the expression of the 174 genes. In ALK-positive ADCs, 30 genes, including ALK itself and GRIN2A, were significantly overexpressed. Group A triple-negative ADC cases showed significantly worse prognoses for relapse and death than ADC cases with EGFR, KRAS or ALK mutations and group B triple-negative ADC cases. Nine genes were identified as being significantly up-regulated in group A triple-negative ADC cases and critical for predicting their prognosis. The nine genes included DEPDC1, which had been identified as a candidate diagnostic and therapeutic target in bladder and breast cancers. Genes discriminating this group of ADCs will be useful for selection of patients who will benefit from adjuvant chemotherapy after surgical resection of stage I-II triple-negative ADCs and also informative for the development of molecular targeting therapies for these patients. Expression profiles in of 226 lung adenocarcinomas (127 with EGFR mutation, 20 with KRAS mutation, 11 with EML4-ALK fusion and 68 triple negative cases).
芯片平台
A-AFFY-44
Affymetrix GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0 [HG-U133_Plus_2]（246 例）
样本属性
age
54, 70, 74, 75, 89
age (years)
30, 34, 35, 38, 39, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 75, 76
bi
0, 100, 1000, 1085, 110, 1120, 1200, 1230, 1260, 1290, 135, 1360, 1380, 140, 1400, 1470, 1500, 1520, 1680, 170, 1720, 1840, 190, 20, 2000, 2040, 210, 2100, 220, 2300, 2380, 240, 259, 260, 270, 280, 290, 300, 310, 320, 340, 360, 390, 460, 50, 540, 55, 60, 600, 620, 640, 680, 690, 70, 700, 720, 740, 750, 760, 780, 800, 810, 820, 840, 860, 880, 90, 900, 920, 940, 960, 980
cluster
Cluster1, Cluster2
days before death/censor
1001, 1017, 1038, 1041, 1042, 1044, 1059, 1098, 1114, 1122, 1128, 1142, 1143, 1154, 1162, 1173, 1180, 1189, 1196, 1229, 1231, 1242, 1256, 1267, 1275, 1281, 1311, 1317, 1328, 1345, 1346, 1375, 1404, 1412, 1417, 1426, 1429, 1433, 1434, 1446, 1463, 1475, 1481, 1482, 1494, 1516, 1520, 1529, 1537, 1539, 1560, 1566, 1596, 1597, 1610, 1623, 1624, 1625, 1629, 1637, 1653, 1660, 1663, 1669, 1674, 1682, 1688, 1695, 1702, 1714, 1717, 1724, 1726, 1733, 1756, 1770, 1780, 1803, 1806, 1809, 1819, 1822, 1823, 1825, 1826, 1828, 1834, 1835, 1841, 1848, 1849, 1852, 1855, 1856, 1859, 1861, 1879, 1881, 1894, 1908, 1910, 1912, 1916, 1917, 1919, 1936, 1937, 1941, 1947, 1964, 1965, 1971, 1980, 1988, 1994, 1998, 2005, 2009, 2014, 2034, 2048, 2050, 2073, 2084, 2134, 2137, 2149, 2154, 2158, 2168, 2179, 2181, 2191, 221, 2221, 2252, 2263, 2285, 2289, 2354, 2364, 2369, 2386, 2409, 2413, 2425, 2430, 2442, 2449, 2450, 2486, 2549, 2552, 2561, 2585, 259, 2601, 2661, 2668, 2671, 2687, 2765, 2806, 2880, 2913, 2918, 2925, 2968, 2976, 300, 3058, 3066, 3067, 3189, 3219, 3263, 3342, 3352, 3411, 346, 3466, 3863, 425, 437, 540, 546, 564, 565, 606, 630, 636, 639, 702, 729, 740, 743, 754, 774, 779, 788, 817, 818, 831, 832, 849, 853, 871, 941, 943, 990
days before relapse/censor
100, 1017, 1041, 1042, 1047, 1052, 1114, 1126, 1142, 1144, 1154, 1162, 1173, 1180, 1196, 1231, 1242, 1252, 1256, 1267, 1281, 1317, 1328, 1359, 1363, 1375, 1387, 1404, 1412, 1417, 1426, 143, 1446, 1462, 1475, 1481, 1489, 1494, 1516, 1520, 1539, 1566, 1596, 1597, 1610, 1623, 1624, 1629, 163, 1637, 1638, 1653, 1660, 1663, 1669, 1688, 1702, 1706, 1714, 1717, 1724, 1725, 1726, 1733, 1756, 1780, 1803, 1806, 1809, 1819, 1822, 1823, 1825, 1826, 1828, 1834, 1835, 1841, 1848, 1849, 1852, 1855, 1856, 1859, 1861, 1879, 1881, 1894, 1908, 1910, 1912, 1916, 1917, 1919, 1937, 1941, 1947, 196, 1964, 1965, 1971, 198, 1994, 1998, 2005, 2009, 2014, 2034, 2048, 2050, 2073, 2084, 2134, 2137, 2149, 2154, 2158, 2168, 2179, 2181, 2191, 2221, 2282, 2285, 2289, 2354, 2369, 2409, 2413, 2425, 2430, 2442, 2449, 2450, 2486, 250, 253, 2549, 2552, 2561, 258, 2585, 259, 2601, 272, 2806, 287, 2880, 2913, 2918, 2925, 2968, 297, 3058, 3066, 3067, 313, 315, 318, 3189, 3219, 3263, 3342, 3352, 341, 3411, 3466, 356, 384, 392, 403, 438, 461, 463, 480, 495, 512, 538, 540, 547, 567, 57, 587, 590, 606, 613, 622, 631, 635, 636, 656, 676, 723, 729, 740, 754, 772, 774, 780, 790, 813, 818, 825, 827, 831, 832, 849, 861, 941, 987, 99, 990, 997
death
alive, dead
exclude for prognosis analysis due to incomplete resection or adjuvant therapy
exclude, none
gender
female, male
gene alteration status
ALK-fusion +, EGFR mutation +, EGFR/KRAS/ALK -, KRAS mutation +
group
GroupA, GroupB
months before relapse/censor
1.9, 10, 10.4333333333333, 10.5, 10.6, 101.933333333333, 102.2, 102.233333333333, 106.3, 107.3, 108.766666666667, 11.3666666666667, 11.5333333333333, 11.8666666666667, 111.4, 111.733333333333, 113.7, 115.533333333333, 12.8, 128.766666666667, 13.0666666666667, 13.4333333333333, 14.1666666666667, 14.5666666666667, 14.6, 15.3666666666667, 15.4333333333333, 16, 16.5, 17.0666666666667, 17.9333333333333, 18, 18.2, 18.2333333333333, 18.8, 18.8333333333333, 18.9, 19.5666666666667, 19.6666666666667, 20.2, 20.4333333333333, 20.7333333333333, 21, 21.0333333333333, 21.1666666666667, 21.2, 21.3, 21.8666666666667, 22.5333333333333, 23.4, 24.1, 24.3, 24.6666666666667, 24.7666666666667, 25.1333333333333, 25.7333333333333, 25.8, 25.9666666666667, 26, 26.2666666666667, 26.3333333333333, 27.1, 27.2333333333333, 27.2666666666667, 27.5, 27.5666666666667, 27.7, 27.7333333333333, 28.3, 28.4333333333333, 28.7, 29.0333333333333, 3.3, 3.33333333333333, 31.3666666666667, 31.4333333333333, 32.9, 33, 33.2333333333333, 33.3666666666667, 33.9, 34.6, 34.7, 34.7333333333333, 34.8, 34.9, 35.0666666666667, 35.3, 36.6, 37.1333333333333, 37.4, 37.5333333333333, 37.6, 38.0666666666667, 38.1, 38.1333333333333, 38.4666666666667, 38.7333333333333, 39.1, 39.3333333333333, 39.6333333333333, 39.8666666666667, 4.76666666666667, 40.9666666666667, 41.0333333333333, 41.4, 41.7333333333333, 41.8666666666667, 42.2333333333333, 42.5, 42.7, 43.7, 43.9, 44.2666666666667, 44.8333333333333, 44.8666666666667, 45.3, 45.4333333333333, 45.8333333333333, 46.2333333333333, 46.8, 47.0666666666667, 47.2333333333333, 47.5333333333333, 47.6333333333333, 47.7666666666667, 47.8, 48.2, 48.7333333333333, 48.7666666666667, 49.1666666666667, 49.3666666666667, 49.4, 49.6333333333333, 49.8, 5.43333333333333, 50.5333333333333, 50.6666666666667, 50.9666666666667, 51.2333333333333, 51.3, 52, 52.2, 53.2, 53.2333333333333, 53.6666666666667, 54.1, 54.1333333333333, 54.1666666666667, 54.3, 54.5666666666667, 54.6, 55.1, 55.3333333333333, 55.4333333333333, 55.6333333333333, 55.8, 56.0666666666667, 56.2666666666667, 56.5, 56.7333333333333, 56.8666666666667, 57.1333333333333, 57.2333333333333, 57.4666666666667, 57.5, 57.5333333333333, 57.7666666666667, 58.5333333333333, 59, 59.3333333333333, 6.53333333333333, 6.6, 60.1, 60.2, 60.3, 60.6333333333333, 60.7333333333333, 60.7666666666667, 60.8333333333333, 60.8666666666667, 60.9333333333333, 61.1333333333333, 61.1666666666667, 61.3666666666667, 61.6, 61.6333333333333, 61.7333333333333, 61.8333333333333, 61.8666666666667, 61.9666666666667, 62.0333333333333, 62.6333333333333, 62.7, 63.1333333333333, 63.6, 63.6666666666667, 63.7333333333333, 63.8666666666667, 63.9, 63.9666666666667, 64.5333333333333, 64.5666666666667, 64.7, 64.9, 65.4666666666667, 65.5, 65.7, 66, 66.2666666666667, 66.4666666666667, 66.6, 66.8333333333333, 66.9666666666667, 67.1333333333333, 67.8, 68.2666666666667, 68.3333333333333, 69.1, 69.4666666666667, 7.36666666666667, 71.1333333333333, 71.2333333333333, 71.6333333333333, 71.8, 71.9333333333333, 72.2666666666667, 72.6333333333333, 72.7, 73.0333333333333, 74.0333333333333, 75.0666666666667, 75.4333333333333, 76.0666666666667, 76.1666666666667, 76.3, 78.4666666666667, 78.8, 78.9666666666667, 79.5333333333333, 8.33333333333333, 8.43333333333333, 8.6, 8.63333333333333, 80.3, 80.4333333333333, 80.8333333333333, 81, 81.4, 81.6333333333333, 81.6666666666667, 82.8666666666667, 84.9666666666667, 85.0666666666667, 85.3666666666667, 86.1666666666667, 86.7, 88.7, 88.9333333333333, 89.0333333333333, 89.5666666666667, 9.06666666666667, 9.56666666666667, 9.9, 92.1666666666667, 93.5333333333333, 96, 97.1, 97.2666666666667, 97.5, 98.9333333333333, 99.2
myc
High, Low, nd
myc_copy
., 0.706, 0.732, 0.778, 0.791, 0.849, 0.851, 0.857, 0.861, 0.87, 0.871, 0.877, 0.884, 0.906, 0.911, 0.915, 0.925, 0.93, 0.932, 0.939, 0.94, 0.943, 0.944, 0.949, 0.952, 0.955, 0.958, 0.961, 0.965, 0.966, 0.968, 0.969, 0.97, 0.973, 0.974, 0.979, 0.984, 0.987, 0.988, 0.989, 0.994, 0.996, 0.998, 0.999, 1, 1.003, 1.004, 1.005, 1.007, 1.009, 1.012, 1.017, 1.019, 1.02, 1.021, 1.022, 1.024, 1.026, 1.027, 1.028, 1.029, 1.03, 1.032, 1.033, 1.034, 1.035, 1.036, 1.037, 1.039, 1.041, 1.043, 1.045, 1.046, 1.047, 1.048, 1.049, 1.051, 1.052, 1.056, 1.057, 1.063, 1.064, 1.065, 1.066, 1.069, 1.07, 1.073, 1.074, 1.075, 1.079, 1.081, 1.082, 1.087, 1.088, 1.09, 1.092, 1.101, 1.104, 1.108, 1.11, 1.111, 1.12, 1.121, 1.122, 1.125, 1.128, 1.133, 1.138, 1.141, 1.148, 1.149, 1.15, 1.155, 1.157, 1.161, 1.166, 1.168, 1.172, 1.174, 1.175, 1.176, 1.177, 1.179, 1.18, 1.181, 1.184, 1.188, 1.19, 1.192, 1.196, 1.203, 1.212, 1.222, 1.224, 1.245, 1.26, 1.263, 1.267, 1.276, 1.28, 1.281, 1.29, 1.296, 1.308, 1.32, 1.322, 1.356, 1.373, 1.403, 1.414, 1.418, 1.419, 1.431, 1.45, 1.454, 1.483, 1.614, 1.616, 1.653, 1.655, 1.665, 1.687, 1.745, 1.762, 2.004, 2.12, 2.13, 2.173, 2.268, 2.335, 2.431, 2.889, 4.547
Organism
Homo sapiens
pathological stage
IA, IB, II
pstage iorii
I, II
relapse
not relapsed, relapsed
smoking status
Ever-smoker, Never-smoker
tissue
normal lung, primary lung tumor
实验信息
登记号
E-GEOD-31210
GEO 编号
GSE31210
实验类型
transcription profiling by array
物种
Homo sapiens
发布日期
2011年11月1日
更新日期
2011年11月14日
提交者
T Kohno、
Takashi Kohno
分析服务
联系地址
山东省济南市章丘区文博路2号
齐鲁师范学院 genelibs生信实验室
山东省济南市高新区舜华路750号
大学科技园北区F座4单元2楼
电话： 0531-88819269
版权所有 © 2025.Genelibs 济南弘晖生物技术有限公司 鲁ICP备20007159号-2
