Transcriptomic analyses of Kras induced zebrafish liver cancer

·发布 2013年12月24日 ·更新 2014年4月15日

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实验描述

The kras transgenic line was generated by using a mifepristone-inducible transgenic system in combination with a Cre-loxP system. Most of the induced transgenic fish developed hepatocellular carcinoma at 6 month-post-induction. Transcriptome profiling of Kras tumor sample (6T1 and 6T2) and control samples (6M1 and 6M2) were generated by deep sequencing, using 3' RNA-SAGE on SOLiD system

参考文献

Xmrk, kras and myc transgenic zebrafish liver cancer models share molecular signatures with subsets of human hepatocellular carcinoma.

Zheng W, Li Z, Nguyen AT, Li C, Emelyanov A, Gong Z

PMID: 24633177

样本属性

genotype

Tg(fabp10:LexPR-LexA:EGFP; cryB:mCherry-NLS-Cre; fabp10:loxP-mCherry-loxP-EGFP-krasV12) line

organism

Danio rerio

organism part

liver

outcome

control, liver tumorigenesis

实验信息

登记号

E-GEOD-53630

GEO 编号

SRP034710, GSE53630

实验类型

RNA-seq of coding RNA

物种

Danio rerio

发布日期

2013年12月24日

更新日期

2014年4月15日

提交者

Alexander Emelyanov、 Zhiyuan Gong、 Weiling Zheng、 Weiling Zheng、 Anh T Nguyen

外部链接

ArrayExpress 原始页 NCBI GEO：SRP034710, GSE53630

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Transcriptomic analyses of Kras induced zebrafish liver cancer

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