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E-MTAB-7818 ERP114476 DNA-seq, RNA-seq of coding RNA Mus musculus

Calibrated total RNAseq (cRNA-seq) of E14_Scc1_AID mESCs mixed with Drosophila SG4 cells with and without a 6-hour auxin treatment

提交 2018年11月4日 ·发布 2020年1月23日 ·更新 2020年1月23日
24
样本数
24
实验数
1
相关文献
实验描述

We performed calibrated total RNAseq on mESC (Scc1-AID) for both untreated and treated cells with a 6-hour auxin exposure to assess the effects of cohesin removal on gene expression. For calibration purposes 2x10ˆ6 Drosophila SG4 cells were spiked in.

参考文献
Cohesin Disrupts Polycomb-Dependent Chromosome Interactions in Embryonic Stem Cells
James D.P. Rhodes, Angelika Feldmann, Benjam�n Hern�ndez-Rodr�guez, Noelia D�az, Jill M. Brown, Nadezda A. Fursova, Neil P. Blackledge, Praveen Prathapan, Paula Dobrinic, Miles K. Huseyin, Aleksander Szczurek, Kai Kruse, Kim A. Nasmyth, Veronica J. Buckle, Juan M. Vaquerizas, Robert J. Klose
样本属性
auxin treatment
Auxin treatment for 6 hours, Nocodazole treatment, Untreated
cell line
ES-E14 cell
cell type
mouse embryonic stem cell
date of experiment
05.11.2018, 06.11.2018, 10.07.2019
developmental stage
embryo
genotype
Scc1 -mAID-GFP/-mAID-GFP; Rosa26::Tir1
organism
Mus musculus
spike in cell line
SG4 Drosophila melanogaster cells
strain
129Ola
实验信息
登记号
E-MTAB-7818
GEO 编号
ERP114476
实验类型
DNA-seq, RNA-seq of coding RNA
物种
Mus musculus
提交日期
2018年11月4日
发布日期
2020年1月23日
更新日期
2020年1月23日
提交者
Robert J Klose、 Juan M. Vaquerizas、 Nadezda Fursova、 Angelika Feldmann
分析服务
分析服务

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